대한불교조계종 제3교구 본사인 신흥사의 말사이다. 1009년(고려 목종 12) 혜명(惠明)과 대주(大珠)가 함께 창건하였다. 절 이름은 곧 혜명과 대주에서 한 글자씩 따온 것이다. 창건 당시에 비로자나불을 모셨다고 하므로 화엄종 계통의 사찰이었음을 알 수 있다. 1861년(철종 12) 불이 나자 월허(月虛)가 중건하였고, 1879년(고종 16)에 다시 불이 난 것을 1880년에 중건하였다. 1897년에도 불이 나 본사를 원통암으로 옮겼는데, 이후 원통암 자리가 현재의 명주사 자리가 되었다. 1917년에 백월(白月)이 중창하고, 1923년 윤설호(尹雪昊)가 중수하였다. 1950년 6.25전쟁으로 다시 폐허가 되었으며 1963년 법당·삼성각·추성각을 중건하고 꾸준히 불사를 일으켜 오늘에 이른다.